Wieder mal was gelernt es liegt an der richtigen Reihenfolge, hier nun die die wo geht.
Getestet auf Ubuntu 14.04 LTS mit den letzten Updates.

openssl pkcs12 -export -in mycert.crt -inkey mycert.key -certfile ca-bundle -out mycert.pfx

-certfile kann man raus lassen, falls kein zwischen cert vom ca benötigt wird, sonst rein backen
und schon ist es umgewandelt